儘管犧牲者眾多，但戰火卻仍未平息。離開主天使號的佩莉，彷彿被對基拉難以割斷的思念牽引似的，闖入自由高達與天意高達激鬥中的戰場，最後卻在基拉面前，遭古魯謝無情襲擊而喪生。基拉無法守護必須要保護的事物，悔恨不已，眼前卻出現佩莉的幻象。佩莉的靈魂終於在最後一刻，能與基拉互相理解了嗎？ 另一方面，察拉將創世紀的目標對準地球，可是在札多軍當中，有人為了制止這種瘋狂舉動，挺身而出。亞斯蘭為了阻止父親，與卡嘉蓮一起進入揚京・杜埃，然而眼前所見的，卻是察拉被阻止他以創世紀虐殺敵人的軍官射殺的場面。察拉臨死前低聲咀咒自然人，之後氣絕身亡。 然而，就算察拉死亡也無法阻止失控的局面。與揚京的自爆有聯繫的創世紀也開始啟動。亞斯蘭隻身闖入創世紀，利用正義高達的核子引擎，將失控的創世紀破壞，計劃成功。卡嘉蓮制止原本打算犧牲性命的亞斯蘭，和她一起逃走。 與此同時，基拉和古魯謝在最後一戰中，互相向對方發出最後一擊。札多中以卡納巴為首的舊古蘭爾派，呼籲停戰，終於踏上和平之路。亞斯蘭在慘烈的戰場中感到絕望。 這時候，多莉飛向宇宙，來到已變成殘骸的自由高達面前，還有基拉的身影…希望，仍然存在。